随着细菌部队的高大建筑物的落成，在四方楼西北20多米处也竖起了一座高耸入云的大烟囱。它几乎昼夜不停地吐着滚滚的浓烟，顺风时可以闻到从浓烟中散发出令人作呕的腥臭异味。
它四周用2米多高的木板墙挡住人们的视线，不许中国劳工靠近，它更不让他们知道它的用途。有一次，中国劳工王志兴指着大烟囱问日本雇员户口:“那里边炼的是啥，怎么有一股腥气味?”
户口有意地嗅了嗅，不耐烦地说:“中国苦力的说话的没有。这是军事秘密，不许随便打听。”在仓库服役的中国劳工王英富也曾问过一个与之很熟的日本人。这个日本人却直言不讳地说:“人死啦的，马死啦的，那边火的给。”于是人们才知道这是一座焚尸炉。
石井动物饲养班里饲养的各种动物，大部分只供抽血用的。因为每天都有日本人轮流地抽取各种动物血，所以经常有不少动物死去。抽血死去的马、牛，日本人从来不食用它，也不让中国劳工吃，一律投进焚尸炉炼掉。
一次，由于石井班对马抽血过多，一天就有3匹大洋马死掉。日本人命令中国劳工王继学用马车把死马送到焚尸炉的停尸房内。当他往下卸死马的时候，竟在另一排停户房内看到有几具尚未炼掉的人的尸体。他第一次知道这座焚尸炉真正的用途。
这些待焚化的人尸是从哪里来的呢?1943年67月间，中国劳工陈方东看到从铁路专用线旁边开过一辆像冷冻车似的汽车，进了焚尸炉大院后，七三一部队队员立即把大门关闭了。
中国劳工任广全告诉大家:“这冷冻车是拉人的。那里装的大部分是死人，也有活着的，他们哼哼呀呀的声音都能听到。都运到焚尸炉院里去了。”所以，每当“特别汽车”开进焚尸炉大院之后，焚尸炉的大烟囱就冒烟了。
这样的事大部分发生在夜间。这些尸体来源包括安达特别实验场在内的野外实验场。七三一部队把在野外进行细菌实验而致死的人体，都一个不少地用汽车运回部队，投进焚尸炉里。
还有大量的尸体是七三一部队本部的每个实验室以平均两天实验三个人的速度，把“实验材料”从特别监狱押到实验室，再从实验室转运解剖室，最后由解室通过地下暗道送至焚尸炉。甚至有的尚未咽气的活人，不经过解剖，径直地送去火化了。
这是七三一部队用细菌杀人的全部过程，也是消灭“实验材料”的主要途径。他们的这个秘密，曾被中国劳工杨淮昌发现。炼人炉内像铁柜似的，每个铁抽匣里放一个人，浇上汽油，就开始火化。此外，从大烟囱吐出的烟雾，也露出了他们的破绽，每当气压低的时候，周围的人都能闻到令人作呕的异味。
于是他们采取了保密措施，即借助于本部队特设的气象班提供的天气预报决定开炉、停炉。这种措施虽然能起到掩人耳目的作用，但不能满足七三一部队的需要，因为它每天实验致死的尸体有20多具，如果不连续地焚化，就发生积压，停尸房里装不下。
特别是夏季，尸体停放一天就会发臭。如果遇到鼠疫传染致死的尸体，停放时间越久，所带来的威胁就越大。于是，七三一部队决定增设焚尸炉。
增设的焚尸炉在北岗上。由于这里地势高，不论什么风向和风力，随时可以开炉。但是有时还能闻到炼尸的气味。于是，他们又把烟囱接高几米。
这座焚尸炉建成后，日本人公开让中国劳工运送死去的动物，这样，给外界的印象它是炼马炉。
七三一部队虽然对焚尸采取了种种保密措施，但仍无法掩盖其致命的漏洞。例如，炼尸本是种肮脏、危险的活，似乎应该交给中国劳工去干。可是，却全部由日本队员自己干，这就明显地暴露出焚尸炉与它不可告人的罪恶勾当是连在一起的。
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